Сражения в игре происходят в реальном времени, необходимо лишь «захватить цель» и выхватить меч. Конечно, гораздо лучше совершить незаметное убийство, но после удачного покушения с солдатами всё равно придётся иметь дело. В Ubisoft создали достаточно простую боевую систему, которая благодаря разнообразной и качественной анимации, а также кинематографической работе камеры выглядит эффектно и жестоко. Бои всегда проходят на мечах и Альтаир волен делать выпады, ставить блок и контратаковать. Первые два действия вполне могут принести пользу против небольшого количества врагов. Контратаки, в свою очередь, являются краеугольным камнем игры и самым красочным способом убийства. Впрочем, как только игрок научится их правильно использовать, сражения перестают быть по-прежнему увлекательными, поэтому сложность добавляется количеством и опытом соперников. Весь бой, даже если против Альтаира стоит целая армия, представляет собой дуэль: солдаты нападают строго по одному. От игрока требуется выждать в блоке удобного момента и контратаковать. Альтаир тоже может наносить атакующие удары, причём как слабые, так и сильные (в зависимости от длительности нажатия на клавишу), но и опытные соперники могут контратаковать.

Альтаир пользуется несколькими видами оружия.

• Кроме необходимого и полученного первым делом кинжала, у нашего героя есть короткий меч, часто полезный для дуэлей со стражей. Им сложнее блокировать удары, но можно быстрее атаковать и выполнять другие контрудары.
• На больших дистанциях вместо короткого меча Альтаир использует метательные ножи, число которых меняется от 5 до 15 на протяжении всей игры. Если метнуть его в человека, то враг почти наверняка будет убит. К сожалению, это оружие бесполезно против ключевых целей, за которыми охотится Альтаир (одним ножом их убить нельзя). Кроме того, использование метательных ножей почти всегда требует «фиксирования цели», иначе велика вероятность промаха. Брошенные ножи подбирать нельзя, поэтому со временем они заканчиваются. Новые можно украсть у бандитов в городе. Если сделать это незаметно, Альтаиру достанется пять штук, если же спровоцировать драку и выиграть её — то только один. Во время игры метательные ножи вызываются той же клавишей, что и короткий меч.
• Самым часто используемым оружием незаметного убийцы служит скрытый клинок. Он укреплён в специальном механизме на запястье и выдвигается в случае необходимости вдоль ладони. С таким устройством Альтаир может убивать врагов, не привлекая лишнего внимания, и быстро скрываться с места расправы. Нападать можно с любой стороны. Важным фактором здесь является скорость — если солдат вычислит ассасина раньше, чем тому удастся вытащить клинок, то он заблокирует удар и завяжется обычный бой. Хотя в режиме дуэли со скрытым клинком Альтаир не может блокировать чужие атаки, контратаки с помощью него весьма эффективны и позволяют одним ударом убивать даже тамплиера. Открытое нападение со скрытым клинком работает лишь тогда, когда враг дразнит героя либо отдаёт приказы другим солдатам.
• Самым бесполезным «оружием» являются собственные кулаки Альтаира. Они нужны только для драк с бандитами, допросов или для того, чтобы схватить врага и оттолкнуть в сторону. Последний приём полезен в сражениях со стражей, если игрок разумно воспользуется окружающей средой.

Кроме того, в заставке «Assassin’s Creed» и одном из трейлеров, основанных на этой заставке, у Альтаира можно было увидеть небольшой арбалет. Из игры арбалет был исключён, поскольку его перезарядка заняла бы слишком много времени.

• Ассасины традиционно использовали мечи-наручи. Их называли «коготь дьявола». Их конструкция заключалась в том что небольшое тонкое лезвие удерживалось нанаручах. Изначально клинок был немного короче ладони, что делало ношение подобного оружия скрытым. Для применения такого меча нужно было поднять ладони, обнажив лезвия. Позже мастера научились делать выдвижные клинки. Таким оружием пользовались ассасины. Это был клан наемных убийц и подобное оружие прекрасно подходило для их деятельности. Ассасины почти всегда убивали сзади: подойдя к жертве со спины, убийца закрывал ей рот и протыкал клинком, после чего быстро уходил, а мертвец падал на землю спустя несколько секунд. Редко когда ассасины убивали людей спереди, так как это было бы заметно. Кроме того, зачастую, кромки лезвия оружия смазывались сильнодействующим ядом. В этом случае, необходимости в нанесении смертельного удара не было — достаточно небольшого пореза кожи — и жертва погибала от яда.