Нововведения

• К оружию игрока добавляется «крюк-клинок». С его помощью можно скользить по тросам, натянутым между зданиями, что сильно сокращает время передвижения из одной части города в другую. Также его можно использовать в бою.
• Появилось примерно 300 различных рецептов для создания бомб.
• Для восстановления города игрок должен уничтожать башни тамплиеров и строить свои здания.
• «Черная Комната» (англ. Black Room) — это потайное место в Анимусе, где предстоит управлять Дезмондом, путешествуя по его подсознанию, и узнавать подробности его прошлого.
• Появилась новая способность ассасина — «Орлиное чувство» (англ. Eagle sense), которое позволяет сфокусироваться на одном определённом персонаже и узнать, в какой части локации он побывал и куда он отправится в скором времени, что позволяет обходить стражу и эффективно расставлять ловушки.
• Максимальный уровень ассасинов теперь равняется 15, то есть мастер-ассасин
• Если спровоцировать конфликт со стражей в захваченном районе, то стражники нападут на ваше убежище. Его придётся оборонять, чтобы район не перешёл к тамплиерам или можно отправить на защиту района мастера-ассасина.
• Изменилась концепция необязательных побочных заданий, которые теперь выдаются случайно.
• Гильдия куртизанок заменена новой гильдией цыган (англ. the Romani).
• В игре так и не появится полноценное 3D-изображение. Но будет много разных изменений.

Мультиплеер

• Будет возможность изменения внешнего вида персонажа и вооружения, появится возможность создавать собственные гильдии.
• Многопользовательский режим станет важной частью сюжета, раскрывающей деятельность Абстерго