Сюжет

Принц изменил свою судьбу, убил стража Времени Дахаку и возвращается в Вавилон вместе с Императрицей Кайлиной (сюжет основывается на второй, более «счастливой» концовке Prince of Persia: Warrior Within), но Вавилон захвачен армией врага. Позже корабль Принца и Кайлины попадает под удар врага. Кайлину похищают, а Принц идёт на её поиски. Выясняя, в чём дело, Принц узнает, что в городе орудует его давний враг — предатель визирь. Поскольку ранее, на Острове Времени (во второй части игры), Принц отменил само создание Песков Времени, он также отменил и все события, показанные в первой части игры, атаку армии своего отца на замок индийского Махараджи, открытие и закрытие Песочных Часов, а также убийство визиря. Однако, Махараджа отправился на Остров Времени, хотя не нашёл там Песков (как было в предыдущем варианте истории, до того как Принц её изменил), но были найдены книги о Песках и тот самый Кинжал Времени. Изучив все эти знания и заполучив Кинжал, визирь выяснил, что может заполучить вечную жизнь, для чего ему нужна Императрица Времени (Кайлина), поэтому он убил Махараджу и отправился в Вавилон, на встречу с Принцем.